Os linfócitos T CD4 são específicos para a maioria das infecções oportunistas, como pneumonicistose, citomegalovírus e toxoplasmose. 

Na infecção pelo HIV há uma predileção por esta categoria. 

Os linfócitos T CD8 são citotóxicos, eliminando células infecciosas ou neoplásicas. Tem importante papel no controle de infecções, lisando células infectadas por vírus, protozoários e alguns fungos. 

A contagem de CD8 não prediz a evolução dos pacientes com SIDA. 

A contagem de CD4, juntamente com a avaliação clínica e a medida de carga viral plasmática, são parâmetros a serem considerados na decisão de iniciar ou modificar a terapia anti-retroviral na SIDA.

Quando utilizamos o CD4 e a carga viral para decisões de início ou mudança de terapia devemos considerá-los, idealmente, em duas ocasiões. Consideram-se significativas as reduções de CD4 maiores que 30% (valores absolutos) em relação a sua determinação prévia. 

Discordância entre os resultados da carga viral e do CD4 pode ocorrer em ate 20% dos pacientes. Fatores influenciam a contagem do CD4: variações analíticas, sazonais, diurnas (mais baixo as 12 horas e picos as 20 horas), doenças intercorrentes (modestas diminuições em infecções aguda e cirurgias) e corticóides (podem diminuir de forma expressiva sua contagem). 

Esplenectomia e co-infecção pelo HTLV-1 podem causar valores altos de CD4 apesar de supressão imune. 

Diminuição de CD4 também pode ser encontrada em outras situações que não a SIDA: tuberculose, hepatite B, citomegalovirose, toxoplasmose, criptococose e síndrome de linfocitopenia CD4 Idiopática. Os anticorpos anti-CD3 são úteis para sondar a região constante dos receptores de células T, os quais se expressam exclusivamente nos linfócitos T imunocompetentes, no monitoramento de imunodeficiência, doenças auto-imunes e nas leucemias e linfomas.